Η διοίκηση και διαχείριση του Ειδικού Λογαριασμού πραγματοποιείται από τα όργανα του και είναι ανεξάρτητη από τη διοίκηση και διαχείριση του Πανεπιστημίου. Όργανα Διοίκησης και Διαχείρισης του Λογαριασμού είναι:
1.Η Επιτροπή απαρτίζεται από εκπροσώπους όλων των Τμημάτων του ΑΕΙ και πλέον έναν από τους Αντιπρυτάνης του, ως Προέδρου. Σύμφωνα με την ΚΑ/679/96 (άρθρο 4, παρ2): “ Τα μέλη της Επιτροπής πρέπει να είναι μέλη ΔΕΠ τα οποία κατά προτεραιότητα ανήκουν στις βαθμίδες του Καθηγητή και του Αναπληρωτή Καθηγητή και πρέπει να έχουν εκτεταμένη εκπαιδευτική και ερευνητική πείρα που τεκμηριώνεται από δημοσιεύσεις σε περιοδικά κύρους, βιβλία και μονογραφίες και από αυτοδύναμη ανάπτυξη και εκτέλεση έργων και πείρα σε ζητήματα σχεδιασμού, διοίκησης και διαχείρισης έργων.Επίσης τα Μέλη της Επιτροπής θα πρέπει να έχουν δημοσιεύσει σε περιοδικά διεθνούς κυκλοφορίας τα 3 τελευταία χρόνια τουλάχιστον 4 επιστημονικές εργασίες. Η Επιτροπή έχει τις παρακάτω αρμοδιότητες:
α) Επεξεργάζεται προτάσεις προς τη Σύγκλητο του ΑΕΙ για την ερευνητική πολιτική του ιδρύματος.
β) Επικουρεί την Πρυτανεία του ΑΕΙ καθώς και τη Σύγκλητο του ΑΕΙ στο συντονισμό των ερευνητικών, εκπαιδευτικών και επιμορφωτικών έργων των ΑΕΙ που χρηματοδοτούνται μέσω του Ειδικού Λογαριασμού και εισηγείται σχετικά με τη λήψη μέτρων για την εξασφάλιση πόρων του Λογαριασμού.
γ) Προτείνει στη Σύγκλητο του ΑΕΙ, σύμφωνα με τις θεσμοθετημένες διαδικασίες, τρόπους αξιολόγησης, επιλογής, χρηματοδότησης, πληρωμής των δαπανών και παραλαβής των αποτελεσμάτων των εκπαιδευτικών, ερευνητικών, τεχνολογικών έργων και γενικά των αναλαμβανομένων στα πλαίσια της παρούσας και των γενικών διατάξεων έργων.
δ) Εγκρίνει, σύμφωνα με τις παραπάνω διαδικασίες, προτάσεις για χρηματοδότηση ερευνητικών, τεχνολογικών, εκπαιδευτικών και επιμορφωτικών έργων από το Λογαριασμό με τη συνεργασία των σχολών, τμημάτων και τομέων, και στα πλαίσια του Οδηγού χρηματοδότησης του Ειδικού Λογαριασμού του άρθρου 9 της απόφασης αυτής. (ΚΑ/679/96).
ε) Καταρτίζει ετήσιο επιστημονικό και οικονομικό προϋπολογισμό και απολογισμό κινήσεως του Λογαριασμού και παρέχει κάθε αναγκαία ενημέρωση προς τον Πρύτανη του ΑΕΙ, τη Σύγκλητο του ΑΕΙ, τα Υπουργεία Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων, Ανάπτυξης, Οικονομικών και άλλους ενδιαφερόμενους, με εκθέσεις ή ειδικές εκδόσεις.
στ) Συντάσσει τον Οδηγό Χρηματοδότησης του Ειδικού Λογαριασμού και τον κανονισμό για τη διάθεση προϊόντων, που προέρχονται από ερευνητικά έργα (ευρεσιτεχνίες, προγράμματα λογισμικού, κατασκευές κτλ) και τις αμοιβές των εχόντων τα πνευματικά δικαιώματα σ' αυτά. Ο κανονισμός αυτός εγκρίνεται από τη Σύγκλητο του ΑΕΙ και αποτελεί μέρος του Οδηγού Χρηματοδότησης.
ζ) Αναθέτει μελέτες με αμοιβή για εξυπηρέτηση των σκοπών της στο προσωπικό του ΑΕΙ ή τρίτους, μετά από τεκμηρίωση της σκοπιμότητας και με τις διαδικασίες που προβλέπονται από τον Οδηγό χρηματοδότησης.
η) Αποδέχεται τις κάθε είδους επιχορηγήσεις, δωρεές και εισφορές τρίτων στο Λογαριασμό και καθορίζει τους ειδικότερους όρους αποδοχής και διάθεσής τους.
θ) Αναζητεί πηγές χρηματοδοτήσεως του Λογαριασμού και ενεργεί κάθε πράξη που είναι απαραίτητη για την εξασφάλιση χρηματικών πόρων.
ι) Φροντίζει για την ενημέρωση της επιστημονικής κοινότητας του ΑΕΙ σχετικά με προγράμματα και έργα που έρχονται σε γνώση της.
ια. Χορηγεί υποτροφίες σύμφωνα με ειδικό κανονισμό που εγκρίνει η Σύγκλητος του ΑΕΙ, στο πλαίσιο του Οδηγού Χρηματοδότησης.
ιβ. Προσλαμβάνει ειδικό προσωπικό για τη στελέχωση της Γραμματείας.
ιγ. Εποπτεύει το έργο της Γραμματείας και ορίζει τον προϊστάμενό της.
ιδ. Διατηρεί αρχείο των τελικών εκθέσεων των χρηματοδοτούμενων μέσω του Λογαριασμού προγραμμάτων και έργων.
Για τη τρέχουσα περίοδο η Επιτροπή έχει ως ακολούθως: βλέπε εδώ
2.Η Γραμματεία έχει τις παρακάτω αρμοδιότητες:
α. Παρακολουθεί τη λογιστική και διαχειριστική κίνηση του Λογαριασμού και προβαίνει στην πληρωμ ή των δαπανών μετά από εντολή του Επιστημονικού Υπευθύνου κάθε έργου, εφόσον η δαπάνη προβλέπεται ρητά στον εγκριμένο προϋπολογισμό του έργου. Σε διαφορετική περίπτωση απαιτείται και η έγκριση του Προέδρου της Επιτροπής, ή άλλου οργάνου που ορίζεται από τον Οδηγό χρηματοδότησης.
β. Εξυπηρετεί γραμματειακώς την Επιτροπή και εισηγείται για θέματα της αρμοδιότητάς της.
γ. Μελετά και επεξεργάζεται, με τα μέλη της ή σε συνεργασία με άλλα πρόσωπα, τις κατευθύνσεις που προδιαγράφει η Επιτροπή, ή υποβάλλει στην Επιτροπή προτάσεις για νέες κατευθύνσεις.
δ. Μεριμνά για την εκτέλεση των αποφάσεων της Επιτροπής.
Η Γραμματεία απασχολεί επί του παρόντος 20 υπαλλήλους: βλέπε οργανόγραμμα